全院下设作物育种栽培研究所、林木果树研究所、设施园艺研究所、食用菌研究所、畜牧兽医研究所、生态环境保护研究所、农业科技信息研究所（数字农业工程与技术研究中心）、生物技术研究所、农产品质量标准与检测技术研究所、上海市农业生物基因中心等10个研究机构， 1个综合服务中心和1个综合试验站。拥有17个国家级和部级科技创新平台和成果转化平台，8个市级科技平台。
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