本学科的主要研究方向为开展畜禽种质创新与优良品种资源的收集保存及利用技术的攻关；突破畜禽重要疫病疫苗制剂研制、畜禽精准营养调控技术与生态养殖技术；城市伴侣型动物疫病诊疗技术及人畜共患病风险防控。

建所以来累计获得120余项科技成果，其中50余项荣获国家、部、市级科技成果奖；获得“猪细小病毒病油乳剂灭活疫苗”、“鸡球虫病三价活疫苗”（第二单位）、“猪口蹄疫O型基因工程疫苗”（第二单位）国家新兽药证书3个；获得农业农村部授予的“重组毕赤酵母pPICZαA-CAMa/X-33表达的杂合抗菌肽CAMa安全证书”和“重组大肠杆菌BL21（pET30a-mLT）表达的热敏性肠毒素mLT安全证书”；制定国家标准1个—“上海白猪”、上海市地方技术标准2个：“猪流感病毒HA1/HA3、NA1/NA2亚型多重RT-PCR检测方法”和“家禽林地生态养殖技术规范”；制订行业技术标准1个“无公害食品—鹅饲养管理技术规范”，中国畜产品加工研究团体标准1个“猪血豆腐”；授权发明专利及实用新型专利30余项,软件著作权7个。1979年培育出具有产仔多、生长快、屠宰率和瘦肉率较高的上海白猪，是供应港澳地区的指定品种之一，连续十二年评为供港“数量第一、质量第一、售价第一”猪种。1981年培育了新浦东鸡，是国内第一个肉鸡培育品种。1987年培育出具有国内领先水平的瘦肉型鸭配套系—芙蓉鸭，因其胸宽肉厚、皮薄骨细、肉质细嫩、味道鲜美等特性，且早期生长速度快、饲料转化率高，深受广大养殖户喜爱，取得了显著的社会经济效益。2007年7月，利用核移植技术克隆了1头巴马小型猪，是国内报道的第三例克隆猪；2015年3月，利用配套系技术培育的新杨黑羽蛋鸡配套系成功通过国家畜禽资源委员会审定，是世界上首次利用贵妃鸡和洛岛红鸡培育而成的特色蛋鸡。

行业领域中专家学者30余名。享受农业农村部特殊岗位津贴专家11人，农业农村部国家产业体系蛋鸡岗位科学家、水禽岗位科学家各1人；农业农村部国家产业技术体系肉鸡试验站站长1人、农业农村部国家产业技术体系水禽试验站站长1人，上海市劳动模范2人、上海市区级领军人才2人、浦江计划获得者2人、扬帆计划获得者4人。