一、个人简介

冯芳君，女，1981年11月出生。
学历： 1999.9-2003.7 浙江师范大学生物科学专业获得理学学士学位
           2003.9-2006.7 华中农业大学作物遗传育种专业获得农学硕士学位
工作经历： 2006.7-至今 上海市农业生物基因中心实验室从事水稻抗旱性遗传基础研究

二、业绩简介

1.论著：

1. Feng FJ, Xu XY, Du XB, et al. Assessment of drought resistance among wild rice accessions using a protocol based on single-tiller propagation and PVC-tube cultivation. AUST J CROP SCI, 2012, 6(7):1204-1211.
2. 高欢，徐小艳，冯芳君等. 水稻导入系聚合派生耐旱株系的培育和导入遗传成分的分子检测. 分子植物育种, 2010, 8(6): 1120-1127.
3. 邓姗，李华娟，冯芳君等. 旱稻品种IRAT109辐照诱变突变体的筛选和鉴定. 中国水稻科学，2010，24（5）：523-526.
4. Wen WW, Mei HW, Feng FJ, et al. Population structure and association mapping on chromosome 7 using a diverse panel of Chinese germplasm of rice(Oryza sativa L.). Theor Appl Genet, 2009, 119:459-470.
5. Mei HW, Feng FJ（并列第一）, Lu BR, et al. Experimental validation of inter-subspecific genetic diversity in rice represented by the differences between the DNA sequences of 'Nipponbare' and '93-11'. Chinese Science Bulletin 2007, 52(10):1327-1337.
6. 冯芳君, 罗利军, 李荧等. 水稻InDel和SSR标记多态性的比较分析. 分子植物育种, 2005, 3: 725-730.

2.获奖情况：

1. 栽培稻籼粳亚种间遗传多样性研究和专化性分子标记开发利用. 上海市农业科学院成果奖二等奖，2007. 排名1
2. 水稻基因资源创新和分子技术育种. 上海市科技进步奖,2007. 排名12

三、助跑研究内容

1.研究方向：

水稻中胚轴延长的全基因组关联分析和遗传定位；
旱稻IRAT109基因组de nove测序组装，发掘水旱稻之间基因组成分变异。

2.研究内容：

一、水稻中胚轴延长的全基因组关联分析和遗传定位。 水稻中胚轴延长特性有助于种子从较深土层下快速、整齐地出面。因此，选育具有中胚轴延长特性的品种是直播技术推广的重要前提。目前，关于中胚轴延长的水稻资源的筛选已有部分报道。水稻中胚轴延长的特性在不同稻种资源中存在很大的变异。本研究拟采用全基因组关联分析的方法检测水稻微核心种质和典型水旱稻品种的合并群体中控制中胚轴延长特性的SNP关联位点、利用极端表型混池筛选偏分离连锁标记，结合表达谱分析筛选控制中胚轴延长特性的候选基因。

1、对水稻微核心种质和典型水旱稻品种的合并群体进行中胚轴延长的全基因组关联分析；
2、把供体亲本与中胚轴不延长品种（即育成品种或三系材料）杂交，建立F2或F3代的分离群体，通过培养基上黑暗培养方法鉴定出中胚轴长度最大和最小的个体，分别构建两个极端的混合DNA样品池，运用基因组重测序技术筛选偏分离连锁标记；
3、利用水稻参比基因组序列和基因功能注释等公共数据库，运用生物信息分析技术开展目标QTL区间的候选基因搜索工作，预计可搜索到数十到数百个候选基因；
4、考虑到中胚轴和胚芽鞘延长特性与细胞分裂、增长等密切相关，该性状的表达受到光照的强烈抑制，课题组计划通过基因功能预测对初选候选基因进行筛选；同时采集不同中胚轴和胚芽鞘长度品种、黑暗和光照对比条件的幼苗样品，通过转录组测序或者定量PCR方法鉴定可能与中胚轴和胚芽鞘延长相关的基因，进一步压缩候选基因的范围，获得数个或数十个最有可能的候选基因，用于后续基因功能研究。

二、旱稻IRAT109基因组de nove测序组装，发掘水旱稻之间基因组成分变异。

选取耐旱水稻品种开展全基因组de novo测序，将有利于我们开展旱稻与日本晴、9311等现有水稻基因组序列进行比较基因组学分析，如基因家族的扩增和收缩，较大的SV结构变异，特定基因拷贝数的变异及其在染色体上空间排列的不同等等分析内容，并为后续旱稻的QTL定位、GWAS分析等提供一个更好的reference参考序列。 已经与壹基因公司合作组装旱稻IRAT109基因组，基于此，我们将从基因组DNA序列水平分析旱稻与日本晴、9311等水稻品种的差异，如是否存在特定基因家族（尤其是胁迫应激、水分吸收与蒸发、ABA通路相关等）的扩张、基因家族成员在染色体上的排列方式是否发生改变、SV等大的结构变异。 本人计划到浙大农业与生物技术学院樊龙江教授实验室交流学习，合作挖掘水稻、旱稻、稗草之间的基因组差异。

3.完成的指标及完成时限：

2015年新增主要参与（排名前3）部市级科研项目1项，主笔在SCI期刊发表论文1篇。
2016年新增主要参与（排名前3）部市级科研项目1项，主笔在SCI刊发表论文1篇，申报院科技成果奖1项，参加一次国内学术交流活动，并作交流发言。