2006年，我院继续深入开展了“爱院建院立功竞赛”活动，院属各单位领导率先带头，广大职工积极参与，进一步振奋精神，团结一致，开拓进取，扎实工作，在科研、经济、党建和精神文明建设各项工作中取得了显著成绩。
　　按照年度考核评分办法，经院考核评定：
　　上海市农业生物基因中心获得科研工作评分第一名，授予“兴农杯”；食用菌研究所、生物技术研究所分获第二、第三名。
　　食用菌研究所获得经济工作评分第一名，授予“自强杯”；设施园艺研究所、上海市农业生物基因中心分获第二、第三名。
　　作物林果研究所获得党建和精神文明建设评分第一名，授予“新风杯”；生物技术研究所、上海市农业生物基因中心分获第二、第三名。
　　上海市农业生物基因中心获得科研、经济、党建和精神文明建设综合评分第一名，授予“创业杯”；食用菌研究所、生物技术研究所分别获得第二、第三名。